Flora bakteryjna jelit, czyli mikroflora jelitowa jest to zespół mikroorganizmów (mikrobiom), głównie bakterii, tworzący w układzie pokarmowym złożony ekosystem. Ciało człowieka składa się z ok. 1013 (tj. ok. 10 bilionów) komórek, lecz ilość bakterii flory jelitowej przekracza tę liczbę 10-krotnie.
Bakterie flory jelitowej znajdują się przede wszystkim w jelicie grubym i stanowią do 80% masy kału. Około 300-1000 gatunków bakterii wchodzi w skład flory jelitowej, z czego najczęściej wymienia się ok. 500 gatunków. 800 gatunków bytuje w jelicie grubym. 30-40 gatunków składa się na 99% wszystkich bakterii flory jelitowej. Także grzyby i pierwotniaki wchodzą w skład flory jelitowej, lecz niewiele wiadomo o ich działaniach. Zsekwencjonowano w tym środowisku co najmniej 3,3 mln genów.
Relacje między gospodarzem a florą bakteryjną są rodzajem korzystnej symbiozy. Mikroorganizmy spełniają wiele pożytecznych funkcji: fermentacja pewnych składników pokarmowych, stymulacja systemu odpornościowego w zwalczaniu drobnoustrojów chorobotwórczych, regulacja rozwoju jelit, produkcja witamin (biotyna i witamina K) i produkcja hormonów. Jednakże w pewnych warunkach niektóre gatunki flory bakteryjnej jelit mogą powodować stany chorobowe (zakażenie oportunistyczne) lub przyczyniać się do kancerogenezy.
Skład flory bakteryjnej jelit zmienia się pod wpływem szeregu różnych czynników, takich jak np.: pożywienie, hormony, środowisko, rodzaj porodu (drogami natury lub za pomocą cięcia cesarskiego), przyjmowanie antybiotyków i leków, wiek, stres, choroby.
O wpływie emocji na układ odpornościowy pisałam
tutaj. Od dawna też wiadomo, że emocje wpływają na układ trawienny. Duży stres ściska żołądek, a zakochanie się pobudza uczucie motyli w brzuchu. Ale od niedawna naukowcy zaczęli obserwować także odwrotną zależność, czyli wpływ kondycji naszych jelit na stan umysłu. Coraz więcej dowodów przemawia za tym, że mikroflora jelitowa oddziałuje na zdrowie psychiczne, rozwój mózgu w dzieciństwie i może wpływać na depresje, apatię czy stany lękowe.

W ciągu ostatnich dwóch lat amerykański Narodowy Instytut Zdrowia Psychicznego wydał milion dolarów na siedem pilotażowych badań mających rozpracować zależność między funkcjonowaniem mózgu i jelit. Kolejne rządowe instytucje zainwestowały w podobne badania (wpływ mikroflory jelit na funkcje poznawcze i odpowiedź na stres) 14,5 mln dol. Europa nie zostaje w tyle, wydając 9 mln euro na pięcioletni program "MyNewGut", który bada rozwój mózgu i choroby psychiczne w powiązaniu z mikrobiomem.
Naukowcy zaczęli odkrywać sieć złożonych zależności między jelitami a funkcjonowaniem mózgu (oś jelitowo-mózgowa), która odnosi się do sygnalizacji biochemicznej zachodzącej pomiędzy przewodem pokarmowym i układem nerwowym, często z udziałem mikroflory jelitowej. Oś jelitowo-mózgowa odgrywa ważną rolę w utrzymywaniu normalnego funkcjonowania mózgu. Flora bakteryjna jelit komunikuje się z centralnym układem nerwowym (OUN) w ramach szlaków nerwowych, immunologicznych oraz hormonalnych i ma wpływ na funkcje oraz działanie mózgu. Liczne badania naukowe wskazują, że mikroflora jelitowa jest zaangażowana w regulację lęku, bólu, zaburzeń funkcji poznawczych oraz nastroju. W badaniach oddziaływania flory bakteryjnej jelit na funkcjonowanie mózgu stosuje się porównanie wolnych od bakterii (sterylnych) zwierząt, które były poddane działaniu bakterii patogennych, bakterii probiotycznych i antybiotyków, do zwierząt hodowanych w niesterylnych warunkach. Badania sugerują, że oś jelitowo-mózgowa, dwukierunkowy neurohumoralny system łączności w organizmie ludzkim, funkcjonuje dla flory bakteryjnej jelit jako droga modulowania funkcji mózgu jej gospodarza. Poporodowa kolonizacja układu pokarmowego drobnoustrojami ma długotrwały wpływ na neuronowe przetwarzanie sygnałów sensorycznych dotyczących reakcji osi podwzgórze-przysadka-nadnercza na stres. Wczesna kolonizacja poporodowa sterylnych myszy przyczynia się do rozwoju ośrodkowego układu nerwowego. Ostatnie badania wykazały, że myszy, których dieta została uzupełniona o Bifidobacterium breve, wykazują podwyższone stężenia kwasów tłuszczowych w mózgu, w tym kwasu arachidowego oraz kwasu dokozaheksaenowego, które odgrywają ważną rolę w rozwoju układu nerwowego, w tym procesów neurogenezy. Podanie Bifidobacterium infantis wywołało szybką aktywację c-Fos w jądrze przykomorowym. Bifidobacterium infantis moduluje także metabolizm tryptofanu, co sugeruje, że mikroflora jelit może pełnić rolę prekursora serotoniny, która jest skorelowana z neurofizjologicznym zachowaniem. Zachowania lękowe oraz zaburzenia neurochemiczne zostały złagodzone u sterylnych myszy w porównaniu do myszy wolnych od określonej bakterii patogenicznej. Dodatkowo dalsze badania na myszach pokazały, że wycofane, lękliwe gryzonie stały się śmiałe i ciekawe po przeszczepie bakterii jelitowych od prospołecznie usposobionych współtowarzyszek. Badacze ze szwedzkiego Instytutu Karolinska przekonali się też, że wprowadzenie u sterylnych myszy bakterii nie zawsze zmienia ich zachowanie w krótkim czasie, a niekiedy dzieje się to dopiero w drugim pokoleniu gryzoni, którym pozwolono na normalną kolonizację przez mikoflorę. Sugeruje to, że jest jakiś krótki czas kluczowy dla rozwoju mózgu, kiedy wpływ mikrobów daje najsilniejszy efekt.